El Colegio Santo Tomas fue creado en los años setenta como parte de los esfuerzos que realizaron muchos profesionales en esa década, para que todos aquellos estudiantes que deseaban realizar estudios superiores universitarios, lo hicieroan y que no sólo estuvieran sujetos a las ofertas académicas de las Universidades Públicas, a la disponibilidad y a las condiciones que  establecieran.  Su primer Director de Carrera fue el Dr. Fabio Fournier.

Inicialmente formaba parte de la Universidad Autónoma de Centro América, primera universidad privada del país. Con posterioridad, en el año 1995, los Colegios Santo Tomás y  San Judas Tadeo se afiliaron a la Universidad Federada de Costa Rica.

El Dr. Constantino Urcuyo Fournier, primer rector de la Universidad Federada de Costa Rica, inició los trámites correspondientes ante el consejo Nacional de Educación Superior Privada (CONESUP), quien aprobó a la misma la afiliación y las carreras, mediante Acta de Sisión del CONESUP 275-95  del año 1995.

en la actualidad, esta Casa de Enseñanza, cuenta con una gran trayectoria a nivel nacional, logrando colocar a muchos de sus graduados en puestos sobresalientes a nivel nacional e internacional y contando con un personal docente de altísimo nivel moral, cadémico y profesional.